Et pourtant la tâche n'a pas été aisée. Entamés en mai 2004, les travaux ont rapidement accumulés les difficultés. Contraintes géotechniques imprévues ont vite fait explosé l'ardoise. De 48 M€, le coût total des travaux est monté à 80 M€. Un surcoût essentiellement assuré par la collectivité ; mais l''Etat s'est récemment engagé à prendre en charge 10 millions d'euros. D'autres problèmes liés à la concession du port sont venu retarder sa mise en service. Des difficultés qui ont occasionné près de neuf mois de retard, un délai "inacceptable" pour le préfet. Avec une estimation des trafics à 800.000 tonnes à l'horizon 2010, le préfet parle même d'un "Singapour du canal de Mozambique." Le plus gros défi de Longoni sera de concurrencer l'île Maurice, le principal port de la région. Une concurrence redoutable, avec des prix très attractifs. Aujourd'hui la plupart des transporteurs maritimes privilégient Maurice pour les transbordements. Des embarcations plus petites se chargent ensuite de livrer dans les différentes îles. Un système qui pénalise Mayotte avec des délais de livraisons plus long. Mais, durant son allocution, le président de la CCI a annoncé l'arrivée à Longoni d'une déserte directe et régulière de la compagnie CMA CGM, la compagnie maritime d'affrètement. Une bonne nouvelle qui semble annoncer l'avènement d'une nouvelle ère pour l'activité portuaire mahoraise.
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